1947年3月7日，蒋介石强迫中共在南京、上海和重庆等地担任谈判联络工作的全体代表和工作人员全部撤退。中共代表撤退前，将房屋、财产全部交由民盟代管。

   民盟坚持在国统区进行公开、合法的斗争，引起国民党的极大仇恨，利用《中央日报》等公开提出否认民盟的“合法平等地位”，造舆论污蔑民盟“准备甘为中共之新的暴乱工具”。民盟仍坚持以和平的、合法的方式解决国内政治问题，并发起和平运动，以张澜为首的5位民盟参政员在国民参政会上提出了《停止内战恢复和平案》。

   6月1日，国民党动用大批军警宪特，在全国十几个大城市，对民盟等民主党派、民主人士和进步师生进行了逮捕，民盟盟员被捕百余人，其中仅重庆、成都两地就有30多人，包括民盟中央委员杨伯恺、于邦齐，他们与另外11位盟员一起，于1949年12月7日成都解放前夕，被杀害于成都外西十二桥。

   此后，国民党又进行了两次大逮捕，不少盟员被捕后关押在重庆“中美合作所”，28人于1949年11月17日重庆解放前夕就义，其中包括《挺进报》的创办人陈然，“双枪老太婆”邓惠中。1947年3月，民盟中央常委兼西北总支部主任委员杜斌丞被捕。10月7日，国民党西安警备司令部诬称“中共关中地委杜斌丞积蓄武力，图谋不轨，并怂恿国军叛变，经询问明确，应处死刑”，枪杀了杜斌丞。

   民盟对国民党的法西斯行为，一再进行抗议和斗争。同时，基层盟员也作了转入地下进行秘密斗争的准备。

1947年10月1日，国民党政府新闻局局长董显光宣布民盟是“中共之附庸”，“民盟分子破坏总动员，参加叛乱，反对政府”。23日，大批国民党特务包围和监视南京民盟总部。27日，国民党政府内政部发言人宣布民盟为“非法团体”。28日，国民党中央社发表《政府宣布民盟非法》的声明，声称：“民主同盟勾结共匪，参加叛乱”，“煽动五月学潮及上海工潮”，“作叛乱宣传掩护共匪之间谍活动”，并“企图颠覆政府”，应“严加取缔，以遏乱萌”。

   在上海的张澜、沈钧儒、黄炎培、章伯钧、史良、叶笃义等民盟领导人举行紧急会议，派黄炎培、叶笃义去南京，会同在南京的罗隆基与国民党政府谈判交涉，并吁请美国驻华大使司徒雷登出面斡旋。

   邵力子直截了当地说：“民盟不成仁，便成义”，司徒雷登反劝民盟“光荣解散”。国民党行政院院长张群威胁说：“民盟总部如不解散，各地干部将有700余人被捕，罗隆基有生命危险。”陈立夫指令民盟单方面发表由陈立夫等在南京事先起草、经国民党当局最后审定的公告，宣布解散，并告知黄炎培：公告上的文字一个字也不许改动，否则即全部作废。

   11月5日晨，黄炎培、罗隆基、叶笃义由宁返沪。当日，民盟中央常委扩大会议在张澜住处举行，参加的人有张澜、沈钧儒、黄炎培、罗隆基、史良、张云川和叶笃义。

   讨论过程中虽有各种不同意见，但“最后大家勉强同意”（叶笃义《虽九死其犹未悔》）。“大局被迫至此，已无否认之余地，乃决照原稿付公表。”（《黄炎培日记》）为换取盟员向当局“登记”之条件，以保护盟员，最后决定民盟宣布自动解散。当时楼下屋子里挤满了军警和记者，门外停着两辆警车。叶笃义含着眼泪下楼，将公告交给等候在那里的记者们。

11月6日，张澜以民盟中央主席名义发表的《中国民主同盟总部解散公告》在全国见报。第二天，张澜以个人名义在《时代日报》（此为苏联在上海办的中文报，其余所有中文报纸都拒绝或不敢登载）发表声明：“余迫不得已于11月6日通告全体民主同盟盟员，停止政治活动，并忍痛宣布民盟总部解散，但我个人对国家之和平民主统一团结之信念及为此而努力之决心绝不变更”，呼吁全体盟员“继续为国家之和平民主统一团结而努力”。

   国民党用法西斯手段强迫民盟宣布解散，引起了国内外舆论的强烈谴责。

   民盟总部宣布解散后不久，组织委员会就重新开始工作，11月下旬开始与各地方组织联系，采取措施转移或隐蔽干部。12月2日，在总部组织委员会主持下，民盟第一个地下支部上海市支部秘密成立，开始活动。各地盟组织和盟员在总部组织委员会的指导下先后转入地下斗争。民盟南方总支部领导下的各地方和海外支部得到广大爱国华侨的支持，广为发展，做了大量工作。境内境外都有大量盟员为中国革命的胜利献出了宝贵的生命。